1. 文献背景信息​​

• ​​标题/作者/期刊/年份​​：

  • Quantitative peptidomics of endogenous peptides involved in TGF-β1-induced epithelial mesenchymal transition of renal epithelial cells

  • 作者：Rattiyaporn Kanlaya, Visith Thongboonkerd

  • 期刊：Cell Death Discovery（IF=6.100，2018）

  • ​​权威性​​：期刊专注细胞死亡与疾病机制，通讯作者Thongboonkerd为肾脏病蛋白质组学领域专家。

• ​​研究领域与背景​​：

  • ​​分支领域​​：TGF-β1诱导的上皮-间质转化（EMT）与肾脏纤维化的分子机制。

  • ​​研究现状​​：TGF-β1通过经典信号通路（如Smad）驱动EMT已被广泛研究，但内源性肽（由蛋白质降解产生的小肽）在EMT中的作用尚未明确。

• ​​研究动机​​：

  • 填补空白：首次探索EMT过程中内源性肽组的动态变化，揭示蛋白酶体调控在EMT中的新机制。

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​​2. 研究问题与假设​​

• ​​核心问题​​：TGF-β1诱导的EMT是否伴随内源性肽组的特异性变化？这些变化是否依赖蛋白酶体活性？

• ​​假设​​：TGF-β1通过抑制蛋白酶体活性，导致特定内源性肽积累，进而促进EMT进程。

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​​3. 研究方法学与技术路线​​

• ​​实验设计​​：

  • ​​模型​​：人肾小管上皮细胞（HK-2）经TGF-β1处理诱导EMT。

  • ​​技术​​：

    • ​​定量肽组学​​：稳定同位素标记（SILAC）比较EMT前后肽组差异。

    • ​​验证实验​​：蛋白酶体抑制剂MG132处理，对比肽组变化；蛋白酶体活性检测（荧光底物水解）。

  • ​​创新方法​​：首次将肽组学应用于EMT研究，结合蛋白酶体活性抑制实验。

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​​4. 结果与数据解析​​

• ​​主要发现​​：

                       ​EMT标志物变化​​：形态学（成纤维样变）、ZO-1↓、vimentin↑（图1）。

                       肽组差异​​：70种内源性肽（源自39种前体蛋白）显著变化，多为疏水性残基（P1位），提示蛋白酶体来源（图2-3）。

​​                       蛋白酶体作用​​：MG132处理与TGF-β1肽组高度重叠，且两者均显著降低蛋白酶体活性（图4）。

• ​​数据验证​​：通过抑制剂反向验证肽组变化与蛋白酶体活性的关联。

• ​​局限性​​：未明确特定肽的功能机制；仅用HK-2细胞，未涵盖其他上皮类型。

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​​5. 讨论与机制阐释​​

• ​​机制深度​​：

  • TGF-β1通过抑制蛋白酶体活性，导致内源性肽积累，可能作为信号分子或调控因子参与EMT（如影响细胞骨架蛋白降解）。

• ​​与既往研究对比​​：

  • 支持TGF-β1的促纤维化作用，但补充了“蛋白酶体-肽组”轴的新视角（区别于经典Smad通路）。

• ​​未解决问题​​：关键肽的生物学功能、是否直接调控EMT相关基因表达？

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​​6. 创新点与学术贡献​​

• ​​理论创新​​：提出EMT中“蛋白酶体活性抑制-内源性肽积累”的新调控层。

• ​​技术贡献​​：肽组学方法可推广至其他纤维化疾病研究。

• ​​实际价值​​：为靶向蛋白酶体或特定肽的抗纤维化药物开发提供依据。

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​​总结​​：该研究通过肽组学揭示了TGF-β1诱导EMT的蛋白酶体依赖机制，为肾脏纤维化提供了新的分子靶点。