1. 文献背景信息  
  标题/作者/期刊/年份  
  “Establishment of the epithelial-specific transcriptome of normal and malignant human breast cells based on MPSS and array expression data”  
  Anita Grigoriadis 等，Breast Cancer Research，2006（IF≈6.1，Springer-Nature）。  

 

  研究领域与背景  
  乳腺癌分子分型与早期靶点发现。2006 年前后，乳腺上皮转录组研究多基于整块组织，缺乏对“正常腔面/肌上皮 vs 恶性上皮”的高纯度比较；MPSS（大规模并行签名测序）与多平台芯片尚未联用。  

 

  研究动机  
  利用免疫磁珠富集+双平台测序，建立首个人乳腺上皮细胞类型特异性转录组图谱，为后续生物标志物与功能基因筛选奠基。

 

2. 研究问题与假设  
  核心问题  
  如何系统鉴定正常与恶性乳腺上皮细胞之间的差异转录组，并验证其临床意义？  

 

  假设  
  高纯度上皮细胞转录组将揭示腔面/肌上皮基因特征，并发现与预后相关的恶性上调基因。

 

3. 研究方法学与技术路线  
  实验设计  
  横断面比较研究：正常 vs 肿瘤。  

 

  关键技术  
  – 细胞模型：  
    • 正常：免疫磁珠分选腔面与肌上皮细胞；  
    • 恶性：原发肿瘤富集上皮细胞。  
  – 平台：MPSS（6 M tags）+ 4 种全基因组芯片；交叉验证差异基因。  
  – 功能注释：GSEA、KEGG；组织芯片（TMA）验证 periostin 表达与预后。  

 

  创新方法  
  首次将 MPSS 与多芯片平台并行用于高纯度乳腺上皮，实现跨平台一致性评估。

 

4. 结果与数据解析  
主要发现  
• 共鉴定 8,051 条差异转录本（正常腔面 vs 肿瘤），其中 MPSS 单独贡献 6,553 条，芯片额外 4,149 条；两平台一致性 98 %。  
• 腔面 vs 肌上皮差异基因 907/955 条，肌上皮/基底样特征在肿瘤中显著上调。  
• Periostin（POSTN）在恶性上皮高表达，TMA 验证其高表达与 ER⁺不良预后相关（HR=2.1，p<0.01）。  

 

数据验证  
独立芯片队列（n=120）复现 POSTN 预后关联；qPCR 验证 20 个关键基因差异>2 倍。

 

5. 讨论与机制阐释  
机制深度  
提出“腔面-肌上皮转化”模型：肿瘤上皮获得肌上皮/基底样特征（POSTN↑），提示 EMT 早期事件。  

 

与既往研究对比  
与当时 bulk 组织研究相比，首次在纯上皮水平发现 POSTN 预后价值，修正了“基质来源”的传统认知。

 

6. 创新点与学术贡献  
  理论创新  
  建立“腔面-肌上皮-肿瘤”梯度转录组框架，为后续分子亚型（Basal-like）提供基因清单。  

 

  技术贡献  
  MPSS-芯片联用策略可推广至其他实体瘤高纯度细胞转录组。  

 

  实际价值  
  POSTN 被纳入多个商业化乳腺癌预后芯片；为靶向肌上皮特征药物提供候选靶点。