Background
Rapid detection of amoxicillin-susceptible Escherichia coli (ASEC) urinary tract infections (UTIs) could have a significant impact on patient care and improve antibiotic stewardship. This is especially true for infants and children, for whom antibiotic choices are more limited than for adults.
Conclusions
This PCR method could potentially enable amoxicillin or ampicillin to be used in a greater proportion of children with E. coli UTIs, improving antibiotic stewardship. Historique: La détection rapide des infections urinaires à Escherichia coli susceptibles à l’amoxicilline (ECSA) peut avoir des effets importants sur les soins aux patients et améliorer la gérance des antibiotiques. C’est particulièrement vrai chez les nourrissons et les enfants, pour qui les choix d’antibiotiques sont plus limités que pour les adultes. Méthodologie: Les chercheurs ont fait appel à un panel uniplex d’amplification en chaîne par polymérase (PCR) pour déceler l’ECSA au moyen d’épreuves PCR d’E. coli et de cinq gènes de résistance (bla TEM, bla SHV, bla OXA, bla CTX-M et bla CMY) et ont conçu un contrôle interne. Ils ont ensuite effectué la PCR directement sur les échantillons d’urine pédiatrique à l’aide d’une polymérase d’ADN résistante aux inhibiteurs. La principale mesure de résultat était l’exécution du panel de PCR (sensibilité, spécificité, valeur prédictive positive [VPP], valeur prédictive négative [VPN], précision) pour déceler l’ECSA. Les échantillons d’ECSA étaient définis comme ceux dont la PCR était positive à l’E. coli et négative aux cinq gènes de résistance. Les chercheurs ont comparé les résultats de la PCR aux normes de référence des tests de culture et susceptibilité. Résultats: Les chercheurs ont testé 206 échantillons d’urine pyurique (>10 globules blancs/champ à fort grossissement) avec le panel de PCR. Deux échantillons ont révélé une inhibition de la PCR (1 %). Pour déceler l’ECSA, le panel de PCR a révélé une sensibilité de 91,53 % (IC à 95 %, 81,32 % à 97,19 %), une spécificité de 98,21 % (IC à 95 %, 90,45 % à 99,95 %), une VPP de 98,18 % (IC à 95 %, 88,54 % à 99,74 %), une VPN de 91,67 % (IC à 95 %, 82,61 % à 96,22 %) et une précision de 94,78 % (IC à 95 %, 88,99 % à 98,06 %). Conclusions: Cette méthode de PCR pourrait permettre de prescrire de l’amoxicilline ou de l’ampicilline à une plus grande proportion d’enfants ayant une infection urinaire à E. coli, ce qui améliorera la gérance des antibiotiques.
Methods
A real-time polymerase chain reaction (PCR) uniplex panel for detection of ASEC using PCR assays for E. coli and five resistance genes (bla TEM, bla SHV, bla OXA, bla CTX-M, and bla CMY) and an internal control was designed. PCR was then performed directly on pediatric urine samples using an inhibitor-resistant DNA polymerase. The main outcome measure was the performance of the PCR panel (sensitivity, specificity, positive predictive value [PPV], negative predictive value [NPV], accuracy) for the detection of ASEC. ASEC samples were defined as those that were E. coli PCR positive and PCR negative for all five resistance genes. PCR
Results
Two hundred and six urine samples with pyuria (>10 white blood cells/high power field) were tested with the PCR panel. Two samples showed PCR inhibition (1%). For ASEC detection, the PCR panel showed a sensitivity of 91.53% (95% CI 81.32% to 97.19%), specificity of 98.21% (95% CI 90.45% to 99.95%), PPV of 98.18% (95% CI 88.54% to 99.74%), NPV of 91.67% (95% CI 82.61% to 96.22%), and accuracy of 94.78% (95% CI 88.99% to 98.06%). Conclusions: This PCR method could potentially enable amoxicillin or ampicillin to be used in a greater proportion of children with E. coli UTIs, improving antibiotic stewardship. Historique: La détection rapide des infections urinaires à Escherichia coli susceptibles à l’amoxicilline (ECSA) peut avoir des effets importants sur les soins aux patients et améliorer la gérance des antibiotiques. C’est particulièrement vrai chez les nourrissons et les enfants, pour qui les choix d’antibiotiques sont plus limités que pour les adultes. Méthodologie: Les chercheurs ont fait appel à un panel uniplex d’amplification en chaîne par polymérase (PCR) pour déceler l’ECSA au moyen d’épreuves PCR d’E. coli et de cinq gènes de résistance (bla TEM, bla SHV, bla OXA, bla CTX-M et bla CMY) et ont conçu un contrôle interne. Ils ont ensuite effectué la PCR directement sur les échantillons d’urine pédiatrique à l’aide d’une polymérase d’ADN résistante aux inhibiteurs. La principale mesure de résultat était l’exécution du panel de PCR (sensibilité, spécificité, valeur prédictive positive [VPP], valeur prédictive négative [VPN], précision) pour déceler l’ECSA. Les échantillons d’ECSA étaient définis comme ceux dont la PCR était positive à l’E. coli et négative aux cinq gènes de résistance. Les chercheurs ont comparé les résultats de la PCR aux normes de référence des tests de culture et susceptibilité. Résultats: Les chercheurs ont testé 206 échantillons d’urine pyurique (>10 globules blancs/champ à fort grossissement) avec le panel de PCR. Deux échantillons ont révélé une inhibition de la PCR (1 %). Pour déceler l’ECSA, le panel de PCR a révélé une sensibilité de 91,53 % (IC à 95 %, 81,32 % à 97,19 %), une spécificité de 98,21 % (IC à 95 %, 90,45 % à 99,95 %), une VPP de 98,18 % (IC à 95 %, 88,54 % à 99,74 %), une VPN de 91,67 % (IC à 95 %, 82,61 % à 96,22 %) et une précision de 94,78 % (IC à 95 %, 88,99 % à 98,06 %). Conclusions: Cette méthode de PCR pourrait permettre de prescrire de l’amoxicilline ou de l’ampicilline à une plus grande proportion d’enfants ayant une infection urinaire à E. coli, ce qui améliorera la gérance des antibiotiques.