日期 影响因子
日期:
2020 年 — 2026 年
2020
2021
2022
2023
2024
2025
2026
影响因子:
–

CanSig Benchmarks Methods for Reproducible Cancer Cell State Discovery from Single-Cell Transcriptomic Data

CanSig 基准方法用于从单细胞转录组数据中发现可重复的癌细胞状态

期刊:Cancer Research
影响因子:16.6
doi:10.1158/0008-5472.CAN-25-0940
Barkmann, Florian; Yates, Josephine; Czyż, Paweł; Kraft, Agnieszka; Glettig, Marc; Beerenwinkel, Niko; Boeva, Valentina
细胞生物学
肿瘤
肿瘤免疫
单细胞
发表日期：2026
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Early feature extraction drives model performance in high-resolution chromatin accessibility prediction

早期特征提取可提升高分辨率染色质可及性预测的模型性能

期刊:Genome Research
影响因子:5.5
doi:10.1101/gr.281042.125
Grover, Aayush; Muser, Till; Kasak, Liine; Zhang, Lin; Krymova, Ekaterina; Boeva, Valentina
发表日期：2026
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Robust and efficient annotation of cell states through gene signature scoring

通过基因特征评分对细胞状态进行稳健高效的注释

期刊:Genome Research
影响因子:5.5
doi:10.1101/gr.280926.125
Ciernik, Laure; Kraft, Agnieszka; Barkmann, Florian; Yates, Josephine; Boeva, Valentina
细胞生物学
发表日期：2026
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Representation learning of single-cell RNA-seq data

单细胞RNA测序数据的表征学习

期刊:RNA
影响因子:5
doi:10.1261/rna.080889.125
Ahlmann-Eltze, Constantin; Barkmann, Florian; Lause, Jan; Boeva, Valentina; Kobak, Dmitry
细胞生物学
单细胞
发表日期：2026
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Cell states and neighborhoods in distinct clinical stages of primary and metastatic esophageal adenocarcinoma.

原发性和转移性食管腺癌不同临床阶段的细胞状态和邻近区域

期刊:Cell Reports Medicine
影响因子:10.6
doi:10.1016/j.xcrm.2025.102188
Yates Josephine, Mathey-Andrews Camille, Park Jihye, Garza Amanda, Gagné Andréanne, Hoffman Samantha, Bi Kevin, Titchen Breanna, Hennessey Connor, Remland Joshua, Carnes Matthew, Shannon Erin, Camp Sabrina, Balamurali Siddhi, Cavale Shweta Kiran, Li Zhixin, Raghawan Akhouri Kishore, Kraft Agnieszka, Boland Genevieve, Aguirre Andrew J, Sethi Nilay S, Boeva Valentina, Van Allen Eliezer M
细胞生物学
发表日期：2025
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Filtering cells with high mitochondrial content depletes viable metabolically altered malignant cell populations in cancer single-cell studies

在癌症单细胞研究中，过滤线粒体含量高的细胞会消耗掉具有活性的、代谢改变的恶性细胞群。

期刊:Genome Biology
影响因子:9.4
doi:10.1186/s13059-025-03559-w
Yates, Josephine; Kraft, Agnieszka; Boeva, Valentina
肿瘤
肿瘤免疫
代谢
线粒体
细胞生物学
单细胞
发表日期：2025
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SurvBoard: standardized benchmarking for multi-omics cancer survival models

SurvBoard：多组学癌症生存模型的标准化基准测试

期刊:Briefings in Bioinformatics
影响因子:7.7
doi:10.1093/bib/bbaf521
Wissel, David; Janakarajan, Nikita; Grover, Aayush; Toniato, Enrico; Martínez, Maria Rodríguez; Boeva, Valentina
肿瘤
肿瘤免疫
发表日期：2025
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Cell states and neighborhoods in distinct clinical stages of primary and metastatic esophageal adenocarcinoma

原发性和转移性食管腺癌不同临床阶段的细胞状态和细胞群

期刊:
影响因子:
doi:10.1101/2024.08.17.608386
Yates, Josephine; Mathey-Andrews, Camille; Park, Jihye; Garza, Amanda; Gagné, Andréanne; Hoffman, Samantha; Bi, Kevin; Titchen, Breanna; Hennessey, Connor; Remland, Joshua; Shannon, Erin; Camp, Sabrina; Balamurali, Siddhi; Cavale, Shweta Kiran; Li, Zhixin; Raghawan, Akhouri Kishore; Kraft, Agnieszka; Boland, Genevieve; Aguirre, Andrew J; Sethi, Nilay S; Boeva, Valentina; Van Allen, Eliezer
细胞生物学
肿瘤
肿瘤免疫
发表日期：2025
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DNA-methylation variability in normal mucosa: a field cancerization marker in patients with adenomatous polyps

正常黏膜DNA甲基化变异：腺瘤性息肉患者的癌变场标志物

期刊:Jnci-Journal of the National Cancer Institute
影响因子:7.2
doi:10.1093/jnci/djae016
Yates, Josephine; Schaufelberger, Helen; Steinacher, Roland; Schär, Primo; Truninger, Kaspar; Boeva, Valentina
肿瘤
表观遗传
肿瘤免疫
DNA甲基化
发表日期：2024
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sparsesurv: a Python package for fitting sparse survival models via knowledge distillation

sparsesurv：一个用于通过知识蒸馏拟合稀疏生存模型的Python包

期刊:
影响因子:
doi:10.1093/bioinformatics/btae521
Wissel, David; Janakarajan, Nikita; Schulte, Julius; Rowson, Daniel; Yuan, Xintian; Boeva, Valentina
发表日期：2024
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