日期 影响因子
日期:
2020 年 — 2026 年
2020
2021
2022
2023
2024
2025
2026
影响因子:
–

Uncalled4 improves nanopore DNA and RNA modification detection via fast and accurate signal alignment

Uncalled4 通过快速准确的信号比对，提高了纳米孔 DNA 和 RNA 修饰的检测能力。

期刊:Nature Methods
影响因子:36.1
doi:10.1038/s41592-025-02631-4.
Sam Kovaka ,Paul W Hook ,Katharine M Jenike ,Vikram Shivakumar ,Luke B Morina ,Roham Razaghi ,Winston Timp ,Michael C Schatz
信号转导
发表日期：2025
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Mem-based pangenome indexing for k-mer queries

基于内存的泛基因组索引用于k-mer查询

期刊:Algorithms for Molecular Biology
影响因子:1.7
doi:10.1186/s13015-025-00272-y
Hwang, Stephen; Brown, Nathaniel K; Ahmed, Omar Y; Jenike, Katharine M; Kovaka, Sam; Schatz, Michael C; Langmead, Ben
发表日期：2025
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Navigating synergies vs. trade-offs between climate change mitigation and biodiversity conservation

如何在减缓气候变化和保护生物多样性之间寻求协同效应与权衡取舍

期刊:npj Biodiversity
影响因子:
doi:10.1038/s44185-025-00092-8
de Silva, Shermin; Jacewicz, Natalie; Kovaka, Karen; Ferraro, Kristy; Callender, Craig; Jamieson, Dale; Prakash, Aseem
发表日期：2025
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Sigmoni: classification of nanopore signal with a compressed pangenome index

Sigmoni：利用压缩泛基因组索引对纳米孔信号进行分类

期刊:
影响因子:
doi:10.1093/bioinformatics/btae213
Shivakumar, Vikram S; Ahmed, Omar Y; Kovaka, Sam; Zakeri, Mohsen; Langmead, Ben
信号转导
发表日期：2024
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Uncalled4 improves nanopore DNA and RNA modification detection via fast and accurate signal alignment.

Uncalled4 通过快速准确的信号对齐，提高了纳米孔 DNA 和 RNA 修饰的检测能力。

期刊:
影响因子:
doi:10.1101/2024.03.05.583511
Kovaka Sam, Hook Paul W, Jenike Katharine M, Shivakumar Vikram, Morina Luke B, Razaghi Roham, Timp Winston, Schatz Michael C
信号转导
发表日期：2024
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Approaching complete genomes, transcriptomes and epi-omes with accurate long-read sequencing

利用精确的长读长测序技术接近完整的基因组、转录组和表观基因组

期刊:Nature Methods
影响因子:32.1
doi:10.1038/s41592-022-01716-8
Kovaka, Sam; Ou, Shujun; Jenike, Katharine M; Schatz, Michael C
Sequencing
表观遗传
发表日期：2023
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Targeted nanopore sequencing by real-time mapping of raw electrical signal with UNCALLED

利用 UNCALLED 对原始电信号进行实时映射，实现靶向纳米孔测序

期刊:Nature Biotechnology
影响因子:41.7
doi:10.1038/s41587-020-0731-9
Kovaka, Sam; Fan, Yunfan; Ni, Bohan; Timp, Winston; Schatz, Michael C
信号转导
发表日期：2021
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High resolution copy number inference in cancer using short-molecule nanopore sequencing

利用短分子纳米孔测序技术进行癌症高分辨率拷贝数推断

期刊:Nucleic Acids Research
影响因子:13.1
doi:10.1093/nar/gkab812
Baslan, Timour; Kovaka, Sam; Sedlazeck, Fritz J; Zhang, Yanming; Wappel, Robert; Tian, Sha; Lowe, Scott W; Goodwin, Sara; Schatz, Michael C
Sequencing
肿瘤
肿瘤免疫
发表日期：2021
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Pan-genomic matching statistics for targeted nanopore sequencing

用于靶向纳米孔测序的泛基因组匹配统计

期刊:iScience
影响因子:4.1
doi:10.1016/j.isci.2021.102696
Ahmed, Omar; Rossi, Massimiliano; Kovaka, Sam; Schatz, Michael C; Gagie, Travis; Boucher, Christina; Langmead, Ben
发表日期：2021
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Transcriptome assembly from long-read RNA-seq alignments with StringTie2

利用StringTie2从长读长RNA-seq比对结果中组装转录组

期刊:Genome Biology
影响因子:9.4
doi:10.1186/s13059-019-1910-1
Kovaka, Sam; Zimin, Aleksey V; Pertea, Geo M; Razaghi, Roham; Salzberg, Steven L; Pertea, Mihaela
发表日期：2019
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