日期 影响因子
日期:
2020 年 — 2026 年
2020
2021
2022
2023
2024
2025
2026
影响因子:
–

De novo discovery of conserved gene clusters in microbial genomes with Spacedust

利用 Spacedust 从头发现微生物基因组中的保守基因簇

期刊:Nature Methods
影响因子:32.1
doi:10.1038/s41592-025-02816-x
Zhang, Ruoshi; Mirdita, Milot; Söding, Johannes
微生物学
发表日期：2025
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Rapid and sensitive protein complex alignment with Foldseek-Multimer

利用Foldseek-Multimer实现快速灵敏的蛋白质复合物比对

期刊:Nature Methods
影响因子:32.1
doi:10.1038/s41592-025-02593-7
Kim, Woosub; Mirdita, Milot; Levy Karin, Eli; Gilchrist, Cameron L M; Schweke, Hugo; Söding, Johannes; Levy, Emmanuel D; Steinegger, Martin
发表日期：2025
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CarpeDeam: a de novo metagenome assembler for heavily damaged ancient datasets

CarpeDeam：一款用于处理严重受损古代数据集的从头宏基因组组装器

期刊:Genome Biology
影响因子:9.4
doi:10.1186/s13059-025-03839-5
Kraft, Louis; Söding, Johannes; Steinegger, Martin; Jochheim, Annika; Wad Sackett, Peter; Fernandez-Guerra, Antonio; Renaud, Gabriel
发表日期：2025
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Evaluation of metagenome binning: advances and challenges

宏基因组分箱评估：进展与挑战

期刊:Briefings in Bioinformatics
影响因子:7.7
doi:10.1093/bib/bbaf617
Yazhini, Arangasamy; Morice, Étienne; Jochheim, Annika; Lieser, Benjamin; Söding, Johannes
发表日期：2025
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Phylograd: fast column-specific calculation of substitution model gradients

Phylograd：快速计算特定列的替代模型梯度

期刊:BMC Bioinformatics
影响因子:3.3
doi:10.1186/s12859-025-06353-4
Lieser, Benjamin; Belousov, Georgy; Söding, Johannes
发表日期：2025
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Enhancing genome recovery across metagenomic samples using MAGmax

利用 MAGmax 提高宏基因组样本的基因组回收率

期刊:
影响因子:
doi:10.1093/bioinformatics/btaf538
Yazhini, Arangasamy; Söding, Johannes
MAG
发表日期：2025
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Fast and accurate protein structure search with Foldseek

利用Foldseek进行快速、准确的蛋白质结构搜索

期刊:Nature Biotechnology
影响因子:41.7
doi:10.1038/s41587-023-01773-0
van Kempen, Michel; Kim, Stephanie S; Tumescheit, Charlotte; Mirdita, Milot; Lee, Jeongjae; Gilchrist, Cameron L M; Söding, Johannes; Steinegger, Martin
发表日期：2024
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DescribePROT in 2023: more, higher-quality and experimental annotations and improved data download options

2023 年 DescribePROT 项目展望：更多、更高质量的实验性注释以及改进的数据下载选项

期刊:Nucleic Acids Research
影响因子:13.1
doi:10.1093/nar/gkad985
Basu, Sushmita; Zhao, Bi; Biró, Bálint; Faraggi, Eshel; Gsponer, Jörg; Hu, Gang; Kloczkowski, Andrzej; Malhis, Nawar; Mirdita, Milot; Söding, Johannes; Steinegger, Martin; Wang, Duolin; Wang, Kui; Xu, Dong; Zhang, Jian; Kurgan, Lukasz
发表日期：2024
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Strain-resolved de-novo metagenomic assembly of viral genomes and microbial 16S rRNAs

基于菌株分辨的病毒基因组和微生物16S rRNA从头宏基因组组装

期刊:Microbiome
影响因子:12.7
doi:10.1186/s40168-024-01904-y
Jochheim, Annika; Jochheim, Florian A; Kolodyazhnaya, Alexandra; Morice, Étienne; Steinegger, Martin; Söding, Johannes
微生物学
发表日期：2024
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RNA sequencing indicates widespread conservation of circadian clocks in marine zooplankton

RNA测序表明海洋浮游动物的昼夜节律时钟普遍保守

期刊:NAR Genomics and Bioinformatics
影响因子:4
doi:10.1093/nargab/lqad007
Venket Raghavan, Gregor Eichele, Otto Larink, Eli Levy Karin, Johannes Söding
发表日期：2023
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