日期 影响因子
日期:
2020 年 — 2026 年
2020
2021
2022
2023
2024
2025
2026
影响因子:
–

Extraction of biological terms using large language models enhances the usability of metadata in the BioSample database

利用大型语言模型提取生物学术语可以提高 BioSample 数据库中元数据的可用性。

期刊:Gigascience
影响因子:3.9
doi:10.1093/gigascience/giaf070
Ikeda, Shuya; Zou, Zhaonan; Bono, Hidemasa; Moriya, Yuki; Kawashima, Shuichi; Katayama, Toshiaki; Oki, Shinya; Ohta, Tazro
发表日期：2025
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Chromosome-scale genomes of two wild flowering cherries (Cerasus itosakura and Cerasus jamasakura) provide insights into structural evolution in Cerasus

两种野生开花樱桃（Cerasus itosakura 和 Cerasus jamasakura）的染色体规模基因组提供了对樱桃结构进化的见解

期刊:DNA Research
影响因子:2.9
doi:10.1093/dnares/dsaf031
Fujiwara, Kazumichi; Toyoda, Atsushi; Katsuki, Toshio; Sato, Yutaka; Biswa, Bhim B; Kishida, Takushi; Tsuruta, Momi; Nakamura, Yasukazu; Mochizuki, Takako; Kimura, Noriko; Kawamoto, Shoko; Ohta, Tazro; Nonomura, Ken-Ichi; Niki, Hironori; Yano, Hiroyuki; Umehara, Kinji; Suzuki, Chikahiko; Koide, Tsuyoshi
发表日期：2025
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Expanding the concept of ID conversion in TogoID by introducing multi-semantic and label features

通过引入多语义和标签特征，扩展了TogoID中的ID转换概念。

期刊:Journal of Biomedical Semantics
影响因子:2
doi:10.1186/s13326-024-00322-1
Ikeda, Shuya; Aoki-Kinoshita, Kiyoko F; Chiba, Hirokazu; Goto, Susumu; Hosoda, Masae; Kawashima, Shuichi; Kim, Jin-Dong; Moriya, Yuki; Ohta, Tazro; Ono, Hiromasa; Takatsuki, Terue; Yamamoto, Yasunori; Katayama, Toshiaki
发表日期：2025
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ChIP-Atlas 3.0: a data-mining suite to explore chromosome architecture together with large-scale regulome data

ChIP-Atlas 3.0：一套用于探索染色体结构和大规模调控组数据的数据挖掘工具

期刊:Nucleic Acids Research
影响因子:13.1
doi:10.1093/nar/gkae358
Zou, Zhaonan; Ohta, Tazro; Oki, Shinya
信号转导
发表日期：2024
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Recording provenance of workflow runs with RO-Crate

使用 RO-Crate 记录工作流程运行的来源

期刊:PLoS One
影响因子:2.6
doi:10.1371/journal.pone.0309210
Leo, Simone; Crusoe, Michael R; Rodríguez-Navas, Laura; Sirvent, Raül; Kanitz, Alexander; De Geest, Paul; Wittner, Rudolf; Pireddu, Luca; Garijo, Daniel; Fernández, José M; Colonnelli, Iacopo; Gallo, Matej; Ohta, Tazro; Suetake, Hirotaka; Capella-Gutierrez, Salvador; de Wit, Renske; Kinoshita, Bruno P; Soiland-Reyes, Stian
发表日期：2024
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Differences in the human gut microbiota with varying depressive symptom severity scores

人类肠道菌群与不同抑郁症状严重程度评分之间的差异

期刊:
影响因子:
doi:10.12938/bmfh.2023-049
Masamura, Yuka; Kubo, Ryuichi; Midorikawa, Yuki; Shinozaki, Natsuko O; Watanabe, Satoshi; Maekawa, Sayumi; Takeda, Aya K; Ohta, Tazro
微生物学
肠道菌群
抑郁症
神经科学
发表日期：2024
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ChIP-Atlas 2021 update: a data-mining suite for exploring epigenomic landscapes by fully integrating ChIP-seq, ATAC-seq and Bisulfite-seq data

ChIP-Atlas 2021 更新：一个数据挖掘套件，通过全面整合 ChIP-seq、ATAC-seq 和亚硫酸氢盐测序数据，探索表观基因组图谱。

期刊:Nucleic Acids Research
影响因子:13.1
doi:10.1093/nar/gkac199
Zou, Zhaonan; Ohta, Tazro; Miura, Fumihito; Oki, Shinya
表观遗传
发表日期：2022
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A workflow reproducibility scale for automatic validation of biological interpretation results

用于自动验证生物学解释结果的工作流程可重复性等级

期刊:Gigascience
影响因子:3.9
doi:10.1093/gigascience/giad031
Suetake, Hirotaka; Fukusato, Tsukasa; Igarashi, Takeo; Ohta, Tazro
发表日期：2022
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Workflow sharing with automated metadata validation and test execution to improve the reusability of published workflows

通过自动化元数据验证和测试执行实现工作流共享，以提高已发布工作流的重用性。

期刊:Gigascience
影响因子:3.9
doi:10.1093/gigascience/giad006
Suetake, Hirotaka; Fukusato, Tsukasa; Igarashi, Takeo; Ohta, Tazro
发表日期：2022
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TogoID: an exploratory ID converter to bridge biological datasets

TogoID：一个用于连接生物数据集的探索性ID转换器

期刊:
影响因子:
doi:10.1093/bioinformatics/btac491
Ikeda, Shuya; Ono, Hiromasa; Ohta, Tazro; Chiba, Hirokazu; Naito, Yuki; Moriya, Yuki; Kawashima, Shuichi; Yamamoto, Yasunori; Okamoto, Shinobu; Goto, Susumu; Katayama, Toshiaki
发表日期：2022
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