测结构变异，别忘了分清爸妈

做基因组研究的朋友肯定遇到过这种情况：明明检出了一个大的结构变异，却说不清它到底在哪条染色体拷贝上——父源的？母源的？还是两条都有？‍
今天分享一篇 STAR Protocols 上的新流程，来自哈工大计算学部团队，核心工具叫 cuteHap，专门解决「单倍型分型 SV 检测」这件事。全程命令行，一台普通服务器就能跑，不需要 GPU，端到端一天内搞定✅
整体思路是三步走
第 1 步：先做 SNV 检测（推荐 Clair3）。SNV 是基因组里最丰富的变异，量大面广，正好当「路标」用——分型工具就是靠它们判断每条 reads 来自父源还是母源。
第 2 步：读段分型（推荐 LongPhase）。给每条 reads 打上 haplotag 标签：父源、母源、还是无法判定。10 分钟就能处理完。
第 3 步：SV 检测（cuteHap）。在带标签的比对上直接跑，缺失、插入、倒位、重复、易位五类 SV 全覆盖，输出天然就是分好单倍型的基因型结果
论文里还有一道可选的「质检」步骤：用 Truvari 把结果和 HG002 的金标准真值做比对，算出 precision、recall 和 F1，心里更有底。
几个容易踩的坑，帮大家划下重点⚠️
① 参考基因组必须和比对时用的完全一致，contig 名字一个都不能差——不然 Clair3 和 cuteHap 都会直接罢工；
② cuteHap 的 -s 参数（最少支持 reads 数）建议设成测序深度的 1/6，过滤假阳性刚刚好；
③ 流程只适用二倍体和多倍体里的二倍体情况……不对，是只适用二倍体！多倍体没法分相，短读长数据也不行，这一点选样本前要想清楚。
适合谁？做人基因组结构变异、遗传病诊断、动植物二倍体基因组分析的同学都可以直接套用，PacBio HiFi 和 ONT 数据都支持。
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