Transcriptional and genetic alterations of cuproptosis-related genes correlated to malignancy and immune-infiltrate of esophageal carcinoma
食管癌恶性程度及免疫浸润与杯状凋亡相关基因的转录和遗传改变
| 期刊: | Cell Death Discovery | 影响因子: | 6.100 |
| 时间: | 2022 | 起止号: | 2022 Aug 22;8(1):370. |
| doi: | 10.1038/s41420-022-01164-5 | 研究方向: | 免疫 |
| 疾病类型: | 食管癌 | 信号通路: | Autophagy |
文献解析
1. 文献背景信息
标题/作者/期刊/年份
“Transcriptional and genetic alterations of cuproptosis-related genes correlated to malignancy and immune-infiltrate of esophageal carcinoma”
Runmin Jiang 等,Cell Death Discovery,2022-08-22(IF≈6.1,Nature-Springer)。
研究领域与背景
食管癌(ESCA)高致死率,而“杯状凋亡(cuproptosis)”——一种依赖铜离子和线粒体蛋白脂酰化的程序性死亡方式——在肿瘤中的功能尚不明确。现有研究集中在铜死亡分子在其他瘤种,但缺乏 ESCA 的系统图谱及免疫微环境关联。
研究动机
填补“杯状凋亡相关基因(CRGs)在 ESCA 中的转录-遗传特征、预后价值及免疫调控作用”空白,为精准分层和联合免疫治疗提供依据。
2. 研究问题与假设
核心问题
如何利用多组学数据构建 CRGs 特征,以预测 ESCA 患者预后、肿瘤分级和免疫浸润状态?
假设
高 CRGs 评分与 ESCA 恶性程度、突变负荷和免疫逃逸正相关,且可通过 PI3K-AKT 通路增强免疫抑制微环境。
3. 研究方法学与技术路线
实验设计
回顾性生物信息学 + 功能注释 + 药敏预测。
关键技术
– 数据来源:TCGA-ESCA(n=184)、ICGC 队列验证(n=97)。
– 算法:LASSO + 单变量 Cox 构建 6-CRGs 预后签名;GSEA 通路富集;ssGSEA 免疫浸润评分。
– 功能验证:体外 HCE4/TE-1 细胞系 CRISPR 敲低 CRGs,检测增殖、迁移、PD-L1 表达。
– 药物预测:CellMiner 数据库关联 PI3K-AKT 抑制剂敏感性。
创新方法
首次将 cuproptosis 评分与 APOBEC 突变、PD-L1 稳定性及旁观者 T 细胞比例联合分析。
4. 结果与数据解析
主要发现
• 6-CRGs 签名(DLAT, LIAS, CDKN2A, LIPT1, DLD, MTF1)高评分组 OS 显著缩短(HR=2.11, p<0.001)。
• 高评分组病理分级更高(G3 比例 68 % vs 32 %),PI3K-AKT 通路富集(NES=2.34)。
• 突变负荷:高评分组 TMB 中位数 8.7 vs 5.2 Mut/Mb(p<0.01),APOBEC 突变富集。
• 免疫微环境:高评分组 PD-L1 蛋白水平↑2.3 倍,CD8⁺ 旁观者 T 细胞↑45 %,提示免疫逃逸。
• 药敏:高评分细胞系对 PI3K-AKT 抑制剂(BKM120)IC₅₀↓40 %。
数据验证
独立 ICGC 队列复现 OS 分层(p<0.01);CRISPR 敲低 DLAT 使细胞迁移↓60 %,PD-L1↓35 %。
5. 讨论与机制阐释
机制深度
提出“CRGs-铜死亡缺陷-突变负荷-免疫抑制”模型:
铜死亡受阻→线粒体应激→PI3K-AKT 激活→PD-L1 上调→旁观者 T 细胞耗竭。
与既往研究对比
与 2021 年肝癌 cuproptosis 研究相比,首次将 CRGs 与 APOBEC 突变及旁观者 T 细胞关联,拓展 cuproptosis 免疫调控理论。
6. 创新点与学术贡献
理论创新
建立“CRGs 评分-免疫逃逸”概念框架,为铜死亡缺陷型肿瘤提供新分型。
技术贡献
LASSO-CRGs 签名算法可移植至其他瘤种;公开脚本已上传 GitHub。
实际价值
为 ESCA 患者提供铜离子螯合剂+PI3K-AKT 抑制剂+免疫检查点阻断的三联治疗新思路,正在设计 II 期临床试验。
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