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5万个内皮细胞,画完血管衰老地图

心血管衰老很大程度上「老在血管上」。维也纳团队把12种人体组织、37.5万多个内皮细胞的单细胞数据整合成人类衰老内皮细胞图谱HAECA,第一次把「不同器官的内皮怎么变老」放进同一坐标系。两个明确发现:①静脉内皮的血管生成基因表达随龄下降,血管修复能力在转录层面先「松劲」;②细胞外基质与力传导信号全组织广泛改变&

单细胞+空间转录组,投刊看这篇就够了

做单细胞联合空间转录组的宝子,最常卡的一步不是数据分析,是选刊对号入座。这个方向文章体量大、交叉属性强,投错刊等于白等三个月。帮你把 20 本期刊分成 4 档:里程碑级的大发现冲 Nature/Science/Cell;方法学新工具首选 Nat Biotech 和 Nat Methods(28.3),首发就是标杆;数据大、机制中等的大水池选 Nature Commun

100万个中性粒细胞拼成一张图

中性粒细胞是血里最多的白细胞,也是单细胞研究里最容易被扔掉的细胞(寿命太短了)。斯坦福这次整合了 43 个数据集、781 份样本、100 万个细胞,做出了人类中性粒图谱 SCAHN,发在 Nature Immunology。里面能看到不同亚群怎么在组织里分工,感染、肿瘤、免疫抑制状态下亚群怎么变。更实用的是:拿 1.7 万例血液转录组验

肠子里的一个蛋白,管到了骨髓

结直肠癌里ITLN1经常丢失,但它到底是旁观者还是参与者?南医大珠江医院+深圳先进院团队给了一个完整答案:它是指挥官1️⃣ ITLN1高的患者:成熟中性粒细胞更多、离肿瘤更近、生存更好2️⃣ 小鼠敲低Itln1:肿瘤长得更快、转移更多,未成熟中性粒在缺氧区堆积3️⃣ 机制是JAK1/STAT3-C/EBPδ-CXCR2轴,管中性粒的"毕业

胎儿免疫力从哪来?一张地图讲清楚

胎儿的免疫系统在妈妈肚子里就要学会"既要忍、又要备战的"平衡术,但人类胎儿组织太难获取,这块研究一直缺数据。肯塔基大学联合俄勒冈国家灵长类研究中心给孕晚期猕猴的肺、脾、脐带血做了单细胞测序,画出非人灵长类胎儿免疫的首张多器官地图:肺是"前线部队",髓系细胞和 ILC2 多、偏促炎;脾是"军校",B 细胞苦练抗体编

单细胞测序的聚类和注释,一篇给你讲明白

拿到 1 万个细胞 × 2 万基因的表达矩阵,直接懵?这篇把「聚类+注释」彻底讲透第一步·聚类=分堆:靠 Louvain、Leiden 算法,把表达模式相似的细胞归到一个簇,差异大的分开,最后生成那张熟悉的 UMAP/t-SNE「彩虹图」。但注意:此时每堆只有编号,还没有名字!第二步·注释=上户口:靠 Marker 基因认身份

单细胞测序跑完别停!湿实验验证四级晋级路线

单细胞测序做完,UMAP 画得再漂亮、Marker 基因列得再长,也只是生信预测——没有湿实验验证,到审稿人手里站不住脚!先想清楚要验证什么,核心就三件事:①分出来的亚群是不是真实存在 ②Marker 基因在真实组织里是不是高表达 ③预测的功能/轨迹/通讯是不是真的发生了然后按段位晋级基础必做(发文底线):qPCR