自带化合物库，虚拟筛选这样开筛

做分子对接的朋友有没有遇到过这种尴尬：流程都自动化了，结果建库那步只认 ZINC，自己手里的 PubChem、ChEMBL 或者实验室自建化合物库根本进不去
今天这篇 STAR Protocols 就是来补这个坑的——semdock 工作流，直接吃 SDF、SMILES、CSV 三种格式，只要 CSV 里带一列 SMILES，连预处理都不用，扔进去就开筛✅
它做了什么
全自动配体制备：RDKit 标准化 → pH 7.4 质子化 → ETKDGv3 生成 3D 构象 → MMFF94 优化 → Meeko 转 PDBQT，一条龙
⚡ 对接提速约 30%：每配体独占一个 CPU 核，负载均衡不空转，同一化合物库 7–10 小时跑完（传统多线程要 10–15 小时）
结果自动整理：三张 CSV 表直接到手，还带分子量、TPSA、LogP 等描述符，下游机器学习随取随用
靠谱程度也有验证：3,230 个 FDA 批准药物实测，全自动制备成功率 98.17%；四个蛋白靶点对接，已知共晶配体全部进 Top 榜单，预测姿态和晶体结构高度吻合
小提醒：失败的那 1.83% 基本都是桥环、螺环这类刚性"硬骨头"，卡在构象生成；打分筛出来的化合物也只是假设，实验验证仍然不能省～
代码在 GitHub 完全开源，论文里 Data S1–S7 从安装手册到验证数据都给了，感兴趣的去翻原文