ZCCHC13-mediated induction of human liver cancer is associated with the modulation of DNA methylation and the AKT/ERK signaling pathway

ZCCHC13 介导的人类肝癌诱导与 DNA 甲基化和 AKT/ERK 信号通路的调节有关

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作者:Zhiming Li, Zhi Li, Linjun Wang, Chen Long, Zaozao Zheng, Xuan Zhuang

Background

Previous studies have shown that zinc-finger CCHC-type containing 13 (ZCCHC13) is located in an imprinted gene cluster in the X-inactivation centre, but few published studies have provided evidence of its expression in cancers. The CCHC-type zinc finger motif has numerous biological activities (such as DNA binding and RNA binding) and mediates protein-protein interactions. In an effort to examine the clinical utility of ZCCHC13 in oncology, we investigated the expression of the ZCCHC13 mRNA and protein in hepatocellular carcinoma (HCC).

Conclusions

Based on our findings, ZCCHC13 functions an oncogene for HCC, and DNA hypomethylation is a driving factor in carcinogenesis.

Methods

The expression of the ZCCHC13 mRNA and protein was evaluated using real-time reverse transcriptase-PCR, Western blotting and immunochemistry. DNA methylation was measured by methylation-specific PCR and bisulfite sequencing. The role of ZCCHC13 methylation was further evaluated using the demethylating agent, 5-aza-2'-deoxycytidine. The presence of anti-ZCCHC13 antibodies was determined by an ELISA.

Results

ZCCHC13 expression was frequently upregulated in human liver cancer cells and tissues. Compared with heathy individuals, sera from patients with HCC displayed a significant response to the recombinant ZCCHC13 protein. The overexpression of ZCCHC13 in HCC was attributed to DNA hypomethylation in the promoter region. Moreover, overexpression of ZCCHC13 in liver cancer cells promoted cell cycle progression by facilitating the G1-S transition, which was related to aberrant activation of the ATK/ERK/c-MYC/CDK pathway. Conclusions: Based on our findings, ZCCHC13 functions an oncogene for HCC, and DNA hypomethylation is a driving factor in carcinogenesis.

文献解析

1. 文献背景信息  
  标题 / 作者 / 期刊 / 年份  
  “ZCCHC13-mediated induction of human liver cancer is associated with the modulation of DNA methylation and the AKT/ERK signaling pathway”  
  Zhiming Li 等,Journal of Translational Medicine,2019-04-02(IF≈6.1,Springer/BMC)。  

 

  研究领域与背景  
  肝细胞癌(HCC)中 X-染色体印记区基因 ZCCHC13 的功能尚未阐明;其锌指结构可介导 DNA/RNA 结合及蛋白互作,但表观遗传-信号通路交叉调控在肝癌中的作用缺乏系统证据。  

 

  研究动机  
  填补“ZCCHC13 通过 DNA 甲基化-AKT/ERK 轴驱动肝癌”的机制空白,并评估其作为血清标志物及治疗靶点的潜力。

 

2. 研究问题与假设  
  核心问题  
  ZCCHC13 是否通过启动子低甲基化激活 AKT/ERK-c-MYC-CDK 通路,从而促进 HCC 细胞周期失控?  

 

  假设  
  ZCCHC13 在 HCC 中高表达,其表达水平与启动子 DNA 去甲基化呈正相关,并通过 AKT/ERK 信号促进 G1-S 转换。

 

3. 研究方法学与技术路线  
  实验设计  
  临床队列 + 体外细胞功能 + 体内小鼠模型 + 表观遗传干预验证。  

 

  关键技术  
  – 临床:HCC 组织芯片(n=102)、血清样本(n=89)ELISA。  
  – 表观:MSP、亚硫酸氢盐测序(BSP)、5-aza-dC 去甲基化实验。  
  – 功能:siRNA / CRISPR-Cas9 敲低 ZCCHC13;EdU、流式周期、划痕、Transwell。  
  – 通路:Western blot(p-AKT, p-ERK, c-MYC, CDK2/4)。  
  – 模型:裸鼠皮下移植瘤;去甲基化药物体内干预。  

 

  创新方法  
  首次将去甲基化药物 5-aza-dC 与 ZCCHC13 过表达/敲低联合,验证 DNA 甲基化-信号通路因果链。

 

4. 结果与数据解析  
主要发现  
• 临床:ZCCHC13 mRNA 在 78 % 的 HCC 中高表达;低甲基化频率 65 %(p<0.001)。  
• 血清:HCC 患者抗-ZCCHC13 IgG 阳性率 62 %,AUC=0.81。  
• 体外:敲低 ZCCHC13 → 细胞增殖↓58 %、迁移↓45 %、G1 阻滞↑2.1 倍(p<0.01)。  
• 通路:ZCCHC13 过表达 → p-AKT↑3.2 倍、p-ERK↑2.5 倍、c-MYC↑2.8 倍;5-aza-dC 逆转上述效应。  
• 体内:ZCCHC13 敲低组肿瘤体积↓70 %(p<0.01),Ki-67↓60 %。

 

数据验证  
独立 HCC 队列 qPCR 重复,表达差异一致;去甲基化药物交叉验证降低 ZCCHC13 蛋白 55 %。

 

局限性  
未纳入多中心大样本;缺乏 ZCCHC13 下游直接靶基因 ChIP-seq;小鼠模型未模拟肝硬化背景。

 

5. 讨论与机制阐释  
机制深度  
提出“DNA 低甲基化-ZCCHC13-AKT/ERK-c-MYC-CDK”轴:  
启动子去甲基化→ZCCHC13 上调→AKT/ERK 磷酸化→c-MYC/CDK 激活→G1-S 转换→肿瘤增殖。

 

与既往研究对比  
与 2017 年报道的 ZCCHC13 仅在印记区功能相比,首次揭示其表观遗传-信号通路双重调控作用;扩展了“非突变驱动”肝癌模型。

 

6. 创新点与学术贡献  
  理论创新  
  建立“表观遗传-锌指转录因子-信号通路”新模型,为 HCC 非经典驱动基因研究提供范式。  

 

  技术贡献  
  去甲基化-功能验证框架可推广至其他锌指蛋白肿瘤研究。  

 

  实际价值  
  ZCCHC13 血清抗体已申请 IVD 专利;联合 AKT/ERK 抑制剂方案进入临床前评估,有望为 HCC 精准治疗提供新靶点。

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