【文献解析】转录组效率调控气候变化下高山荒漠植物的生长-防御权衡
1. 领域背景与文献文献英文标题:Transcriptomic efficiency shapes growth-defense trade-offs in alpine desert plants under climate change;发表期刊:Genome Biol;影响因子:未公开;研究领域:高山植物气候变化适应生理生态学。领域共识:青藏高原是全球气候变化响应的敏感区域,近几十年来呈现出生长季温度升高同时
【文献解析】在批量、单细胞和空间转录组中绘制疾病进展过程中的关键瞬时基因互作
1. 领域背景与文献文献英文标题:Charting critical transient gene interactions in disease progression across bulk, single-cell, and spatial transcriptomics;发表期刊:Genome Biol;影响因子:未公开;研究领域:生物信息学,多模态转录组整合分析,疾病进展的基因调控网络研究。领域共识:近二十年来,转录组测序
【文献解析】癌症中的机械敏感表观转录组学:连接肿瘤力学、RNA修饰与免疫逃逸
1. 领域背景与文献文献英文标题:Mechanosensitive epitranscriptomics in cancer: linking tumor mechanics, RNA modification, and immune escape;发表期刊:Mol Cancer;影响因子:未公开;研究领域:肿瘤生物学,肿瘤微环境跨领域调控研究。领域共识:实体肿瘤是力学特征异常的生态系统,细胞外基质硬化、压缩应力、间
【文献解析】通过腹水整合蛋白质组转录组分析鉴定腹膜转移中新的旁分泌治疗靶标
1. 领域背景与文献文献英文标题:Identification of novel paracrine therapeutic targets in peritoneal metastases through integrative proteotranscriptomic analysis of ascites;发表期刊:Molecular Cancer;影响因子:未公开;研究领域:肿瘤学-腹膜转移靶向治疗领域领域共识:腹膜转移是多种恶性肿瘤的晚期转移形式
【文献解析】空间转录组批次效应校正方法的系统基准研究
1. 领域背景与文献文献英文标题:A systematic benchmark of batch effect correction methods for spatial transcriptomics;发表期刊:Genome Biol;影响因子:未公开;研究领域:空间转录组生物信息学。领域共识:空间转录组技术近年来实现了快速发展,突破了传统批量转录组无法保留基因表达空间位置信息的局限,先后出现
【文献解析】深度学习整合单细胞与空间转录组揭示肺腺癌中性粒细胞相关间充质生态位及候选易位复合物依赖性
1. 领域背景与文献文献英文标题:Deep learning integration of single-cell and spatial transcriptomics reveals a neutrophil-associated mesenchymal niche and a candidate translocon dependency in lung adenocarcinoma;发表期刊:Cancer Immunol Immunother;影响因子:未公开;研究领域:肺腺癌肿瘤微环境,肿瘤生
【文献解析】空间转录组揭示三级淋巴结构内的细胞状态水平组织与趋化因子网络架构
1. 领域背景与文献文献英文标题:Spatial transcriptomics reveals cell state-level organization and chemokine network architecture within tertiary lymphoid structures;发表期刊:Cancer Immunol Immunother;影响因子:未公开;研究领域:肿瘤免疫微环境,三级淋巴结构空间组学研究。领域共识:三级淋巴结构(TLS)
【文献解析】困惑度作为人类转录组异构体多样性的度量指标
1. 领域背景与文献文献英文标题:Perplexity as a metric for isoform diversity in the human transcriptome;发表期刊:Genome Biol;影响因子:未公开;研究领域:人类转录组学,转录本异构体多样性定量研究。领域共识:转录本异构体多样性是人类转录组复杂性的核心来源,不同异构体的表达调控与细胞功能分化、疾病发生发
空间转录组学工具或可建立肿瘤组织结构与治疗应答的关联
图片来源:Marcin Klapczynski/盖蒂图片社空间转录组学为癌症研究者提供了强有力的研究手段,不仅可明确肿瘤中激活基因的类型,还能定位基因活性的发生位置。但由于不同肿瘤微环境(tumor microenvironment, TME)在组成和功能上均存在异质性,不同肿瘤的空间转录组图谱很难进行跨样本比较。芝加哥大学研究人员近日报道了一
【文献解析】基于人诱导多能干细胞模型解析RFX3缺失相关的胰腺胰岛编码与非编码转录组改变
1. 领域背景与文献文献英文标题:Human iPSC-based modeling reveals coding and non-coding transcriptomic alterations associated with RFX3 deficiency in pancreatic islets;发表期刊:Stem Cell Research & Therapy;影响因子:未公开;研究领域:干细胞生物学、胰腺内分泌发育、非编码RNA调控胰腺内分泌细胞的正