Basecamp Research的抗生素设计与疫苗预测AI模型现已接入Anthropic旗下的Claude Science平台
作者：Fay Lin, PhD
Anthropic发布了面向科研人员的AI工作台Claude Science，该平台将碎片化的科研工具（包括60余个预配置的基因组学、蛋白质组学、结构生物学等领域的科研数据库与接口）整合至统一的推理层。目前面向生物学领域的专业技术平台赛道竞争日趋激烈，Claude Science的加入旨在通过降低领域专业知识获取门槛，加速科学发现进程。
Anthropic的生命科学合作方已在平台上线相关应用。Basecamp Research的服务面向全球公共卫生领域，目前每年耐药菌感染相关的死亡人数接近500万。这家总部位于伦敦的团队宣布，其研发的抗生素设计与疫苗靶点预测EDEN模型现已接入Claude Science平台。
作为一款宏基因组基础模型，EDEN在设计针对世界卫生组织（WHO）重点优先级多重耐药病原体的高活性功能肽时，成功率达97%。该研究是与宾夕法尼亚大学总统特聘副教授César de la Fuente博士合作完成的。
在Claude Science的演示环节中，Basecamp联合创始人Oliver Vince博士上传了一份患者微生物学报告样本。仅需输入简单的自然语言提示，平台即可在数分钟内完成多肽设计、效力预测，并输出最有可能在实验中获得成功的候选分子短名单。
Vince表示，尽管目前距离“一键生成可直接用于临床的抗生素”仍有差距，但让这类工具普惠化是极具价值的第一步，对于缺乏高性能计算基础设施的地区的科研人员而言尤其如此。
“大多数模型的使用都要求使用者具备计算生物学背景，”Vince在接受《GEN Edge》采访时表示，“而现在，全球任何一名临床医生理论上都可以通过与Claude交互，设计出可能有效的抗生素。”
“从战略层面来看，应当让最有行动力的一线人员来解决问题，”Basecamp首席技术官Phil Lorenz博士补充道，“而非与实际问题隔着两三个环节的模型构建者。”
全栈技术体系
Basecamp成立于2019年，创立初期便致力于构建覆盖数据、模型、治疗资产的全栈计算体系。
除抗生素与疫苗领域外，该公司位于剑桥的美国分部（由Basecamp首席科学官、Tome Biosciences前首席科学官Jonathan Finn博士牵头）已针对可编程基因插入场景对EDEN进行了微调。该技术可将大片段治疗性DNA序列精准插入人类基因组，拓展了现有CRISPR技术的应用边界——传统CRISPR仅能进行小型编辑，可应对的适应症十分有限。
EDEN的泛化能力依托于BaseData数据集的训练支持，BaseData是该公司的专有数据集，包含从30余个国家的200余个不同极端环境（包括热泉、极地冰盖、高海拔高原等）中收集的98亿条蛋白质序列。与所有公共数据库的总和相比，该数据库将已知的蛋白质多样性拓展了10倍。
今年3月，该团队在一篇关于宏基因组缩放定律的技术报告中，发表了BaseData对模型性能的叠加增益效应。Basecamp正通过“万亿基因图谱（Trillion Gene Atlas）”项目持续提升数据多样性，该项目由Basecamp与Anthropic、英伟达、PacBio、Ultima Genomics合作开展，计划在未来两年内将BaseData的规模扩大100倍。
Vince强调，模型部署及与实际工作流的整合，是这类模型充分发挥潜力的核心。Basecamp预计将在未来一年上线更多应用。
“我认为这些模型的能力会超出大众的预期，”他表示。
专业注释
- 宏基因组基础模型：基于环境微生物总基因组数据训练的AI大模型
- 缩放定律：描述AI模型性能随数据、算力等因素提升的规律