1. 领域背景与文献引入
文献英文标题：Being open: our policy on source code；发表期刊：Genome Biology；影响因子：未公开；研究领域：基因组生物学（计算生物学/生物信息学方向）
基因组生物学是生命科学与计算科学深度交叉的核心领域，随着高通量测序、基因芯片等技术的普及，生物信息学软件已成为基因组数据解读的“引擎”。21世纪初，领域内软件多以“作者个人网站托管+非商业版权限制”的方式发布——例如2001年Genome Biology首篇Software文章的工具存于作者网站（现已失效），且标注“copyrighted against commercial gain”。这种模式导致后续研究无法复现原始分析（网站失效），或因版权限制无法复用工具，成为制约领域 reproducibility（可重复性）的关键瓶颈。
近年来，“开源科学（Open Science）”理念兴起，研究者共识逐步形成：透明度与可重复性是高质量研究的基石，而源代码的“可用性（Availability）、可访问性（Accessibility）与可复用性（Reusability）”是实现这一目标的核心。当前领域热点聚焦于“如何通过政策规范确保源代码的长期保存”“许可证类型对软件复用的影响”等问题，但行业内尚未形成统一的期刊政策标准。
针对这一空白，Genome Biology作为基因组生物学领域的权威期刊，发布此社论明确源代码管理政策，旨在通过规范存档策略与许可证要求，解决早期软件“不可复现、不可复用”的问题，为领域内计算研究的 reproducibility 提供制度保障。
2. 文献综述解析
文献综述以“时间线+问题导向”为核心逻辑，梳理了基因组生物学领域源代码管理的演变及当前挑战：
首先，回顾期刊政策的历史迭代：2001年首次发表Software文章时，对源代码的存档与许可证无强制要求；2016年起，期刊要求Method/Software类文章的源代码需存入Figshare、Zenodo等可分配DOI的仓库（固定版本，避免代码演化导致的不可复现）。接着，分析当前核心挑战——许可证类型限制了软件的复用能力：早期非开源许可证（如“非商业使用”）虽保护了作者权益，但歧视商业领域，阻碍了软件的推广与创新（例如企业无法基于开源工具开发新产品）。
现有研究的关键结论包括：①开源科学能显著提升研究的 reproducibility（2015年Genome Biology的Comment指出“开放科学应成为科学的常态”）；②DOI存档策略可有效固定软件版本，解决“代码演化导致的不可复现”问题；③非开源许可证是软件复用的主要障碍（限制商业使用、修改权）。文献的创新价值在于：首次将“源代码需遵循OSI开源定义的许可证”纳入期刊政策，弥补了此前仅关注存档而忽视许可证的不足，通过确保软件的“可使用、可修改、可分发”，真正实现源代码的长期价值。
3. 研究思路总结与详细解析
3.1 整体框架概述
本文为Genome Biology的编辑社论，核心目标是阐述期刊关于“源代码发布”的政策框架，核心问题是“如何通过政策规范保障计算生物学研究的 reproducibility 与软件复用性”。整体思路遵循“回顾历史→分析挑战→提出方案”的逻辑闭环：
- 回顾历史：梳理期刊早期（2001年）至2016年的源代码政策演变（从“作者网站存档”到“DOI仓库存档”）；
- 分析挑战：指出当前源代码管理的核心痛点——许可证类型限制了软件的复用能力；
- 提出方案：明确“源代码需存入公共仓库并分配DOI+采用OSI合规的开源许可证”的政策要求。
3.2 无实验环节说明
由于本文是政策社论，而非实证研究论文，因此无具体实验设计、方法或结果。
4. Biomarker 研究及发现成果解析
本文为基因组生物学领域的政策社论，未涉及生物标志物（Biomarker）的筛选、验证或功能研究，因此无相关成果。