ChIP 拉不下来，可能卡在超声那一步
Anti-Histone H3，ChIP 级验证，核小体通用标记
交联、裂解、超声、离心、取上清、加抗体、过夜、洗珠子、解交联、跑 qPCR。
十八个小时之后，富集倍数一比一。和 IgG 对照没差别。
多数人这时候会换抗体，或者加抗体量。真正该先看的，是超声之后那段上清。
先判断染色质状态
取 20 微升超声后的上清，跑个琼脂糖胶，或者直接跑片段分析仪。
片段集中在 200 到 500 bp，说明碎得合适。条带还压在 1000 bp 以上，抗体再好也拉不出干净的富集。碎成一片 100 bp 以下的弥散，表位可能已经被打坏。
超声功率、开停间隔、循环次数、样品体积、管壁厚度，每一项都会改变结果。不同细胞系差别很大，悬浮细胞和贴壁细胞不能照抄同一套参数。
这支抗体为什么常被选
Ab1791 抗组蛋白 H3，兔多克隆。产品定位直接写在名字里，核标记，加 ChIP 级。
免疫原的具体序列厂家没有公开，但这支抗体的验证面铺得很广。WB、IHC、IF/ICC、IP、ChIP 五个方向都有记录，种属覆盖人、小鼠、大鼠，还包括拟南芥、果蝇、酵母、非洲爪蟾，甚至印度麂。
做 ChIP 的实验室常拿它当阳性对照。H3 在活跃转录区和沉默区都有分布，拉得下来，说明体系是通的。拉不下来，问题多半在体系，不在抗体。
H3 的抗体不少，差别在能不能过 ChIP。组蛋白表位在染色质上被 DNA 缠着，抗体挤不进去就拉不下来。这支标的是 H3 的 C 端，那个区域暴露程度高，超声之后仍然能结合。
抗体量和珠子
ChIP 里最常见的浪费，是抗体加太多。
一管 IP 用 1 到 5 微克抗体通常够了，加过量只会把背景一起拉起来。珠子按抗体量配，磁珠比琼脂糖珠好洗，背景也更低。
洗涤顺序别乱。低盐、高盐、氯化锂、TE，每一步的盐浓度和去污剂都在筛非特异结合。跳步省下的十分钟，会变成 qPCR 里的假阳性。
一个容易被忽略的对照
Input 要留，并且要在解交联前留。
很多人把 input 当上样量对照，跑完发现 input 的 Ct 值比 IP 还晚，才意识到 input 取早了或者取少了。
H3 这类高丰度蛋白，IP 效率本来就高，input 稀释 10 倍再上机更接近线性区间。
体系通了，抗体才有意义。体系不通，换十支抗体也是同一个结果。
关键参数
| 反应种属 | Human, Mouse, Rat, Arabidopsis, Drosophila, Yeast, Indian muntjac, Xenopus laevis |
| 抗原名称 | H3C1 |
| 验证应用 | WB, IHC, IF/ICC, IP, ChIP |
| 宿主/亚型 | Rabbit / IgG |
| 抗体类型 | Polyclonal |
| 纯化方式 | Affinity purification Immunogen |
| 储存条件 | 短期 +4°C；长期 -20°C |
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参数与产品价格以生知库产品页实时信息为准。文中实验图片取自厂家官网产品页，仅用于说明该抗体的验证情况。