增强子在哪,H3K27ac 说了算
Anti-Histone H3 (acetyl K27),ChIP 级,增强子标记

测序数据回来,一堆峰。
哪些是启动子,哪些是增强子,哪些只是背景噪音。H3K27ac 的峰能把这件事说清楚。
组蛋白 H3 第 27 位赖氨酸的乙酰化,标记的是活跃的染色质状态。启动子和增强子上都有,超级增强子上尤其明显。
它和 H3K4me1 的分工
H3K4me1 标的是增强子的位置,不管它活不活跃。
H3K27ac 标的是活跃状态。两个一起看,能分出准备状态的增强子和正在工作的增强子。
做药物处理前后对比,H3K27ac 的变化往往比转录组更早出现。
这支抗体的位置
Ab4729,兔多克隆,靶点 H3 的乙酰化 K27,识别人、小鼠、大鼠、牛。
应用覆盖 WB、IHC、IF/ICC、ChIP 和肽段芯片。肽段芯片这一项,说明它的特异性在合成肽层面被验证过,对点突变和修饰位点的区分能力有数据支撑。
H3K27ac 的信号强弱和增强子活性相关,但别把它当定量指标用。ChIP 的富集倍数受交联、超声、抗体量三重影响,跨样本比较之前先把这三项统一。
ChIP 的几个关键点
超声片段控制在 200 到 500 bp。片段太大,峰的分辨率上不去。太小,核小体结构被破坏,修饰信号会丢。
抗体用量按 ChIP 反应的染色质总量算。通常 1 到 5 微克起始,具体看染色质浓度。
阴性对照要用修饰无关的 IgG,阳性对照可以用总 H3。两个都跑,才能判断体系通没通。
洗涤最后一步的盐浓度不要太高,乙酰化抗体的结合在低盐下更稳。
定量之前先看整体
ChIP-qPCR 挑几个已知位点验证,比如看家基因启动子和一个已知的沉默区。
前者应该有富集,后者应该没有。这一步花半天,能省掉后面测序返工的几万块。
修饰抗体的批次差异比普通抗体大,同一课题尽量用一个批号跑完。
关键参数
| 反应种属 | Human, Mouse, Rat, Bovine |
| 抗原名称 | H3C1 acetyl K27 |
| 验证应用 | WB, IHC, IF/ICC, ChIP, Peptide Array |
| 宿主/亚型 | Rabbit / IgG |
| 抗体类型 | Polyclonal |
| 纯化方式 | Affinity purification Immunogen |
| 储存条件 | 短期 +4°C;长期 -20°C |
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