H3K9me3 的信号，本来就集中在一小块
Anti-Histone H3 tri methyl K9 多抗
ChIP 做完，qPCR 跑了八个基因的启动子，富集倍数全在 1 左右。
你怀疑抗体不行，换了一支，还是一样。
H3K9me3 本来就不在启动子上。
这个修饰在哪儿
H3K9me3 是三甲基化的组蛋白 H3 第 9 位赖氨酸，标记的是组成型异染色质。
它集中在着丝粒周围、端粒、以及各种重复序列区，负责把染色质压紧，把转录关掉。
活跃基因的启动子上几乎看不到它。拿启动子引物去查 H3K9me3，结果平的是正常的，不是抗体坏了。
用错了区域，数据再干净也是空的。
把 ChIP 的引物表提前列出来，分成阳性、阴性、对照三组，跑之前先自查一遍。
抗体的事实
Ab8898 是兔多克隆，靶点是组蛋白 H3 三甲基化 K9，反应种属包括人、小鼠、牛。
验证应用是 WB、IHC-P、ICC/IF 和 ChIP，标注 ChIP Grade。
多克隆识别多个表位，拉下来的片段覆盖宽一些。代价是批间差异，一整个课题用同一批号。
几批之间差别明显的时候，先用同一份对照染色质比一次，再决定用哪一批。
对照染色质可以是固定的一批细胞，冻在负八十度，每次取一管，取出来直接用，不要反复冻融。
做 IHC 也是同样的道理。H3K9me3 的阳性集中在核的边缘和几个致密的斑块上，全核均匀着色的片子要怀疑背景。
WB 上这条带在 17 kDa 附近。组蛋白修饰抗体常带其他组蛋白的弱带，剪膜时留出余量。
实验设计要跟着改
引物选在重复序列区，卫星 DNA 或者 LINE 元件，这些位置 H3K9me3 富集明显。
对照区选一个活跃基因的启动子，预期是低信号。这一对正反引物是判断体系有没有问题的关键。
做药物处理，或者敲低常见的 H3K9 甲基转移酶之后再测，信号应该有可见的下降。没有下降，先查 ChIP 效率，不要急着换抗体。
处理时间不要太短。异染色质的重塑是慢过程，几个小时的处理往往看不出变化。
三个操作细节
染色质片段控制在 200 到 500 bp。异染色质区更难打断，超声时间要比常染色质区多几轮。
抗体量不要省。ChIP Grade 的多抗在异染色质区的效率比常染色质低，按启动子区的经验配，容易差一口气。
qPCR 至少三个技术重复。异染色质区的扩增效率不稳定，单孔的数据不可信。
下一轮 ChIP，把引物换到卫星 DNA 区，再跑一次 qPCR。
关键参数
| 反应种属 | Human, Mouse, Bovine |
| 抗原名称 | H3C1 tri methyl K9 |
| 验证应用 | WB, IHC, IF/ICC, ChIP |
| 宿主/亚型 | Rabbit / IgG |
| 抗体类型 | Polyclonal |
| 纯化方式 | Affinity purification Immunogen |
| 储存条件 | 短期 +4°C；长期 -20°C |
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