多抗换批，先跑一遍 dot blot
Anti-H3K36me3，兔多抗，WB、IF、ChIP 三个系统都验证
同一批样本，分两次做 ChIP，前后隔了三个月。
第一次的富集在基因体 3' 端明显，第二次整体掉了一半，阳性位点还是阳性，但幅度不够。
裂解、超声、qPCR 的引物都没换。
中间换了一次抗体批号。
多抗的批间差异从哪来
多克隆抗体来自动物的血清，不同批次的动物、免疫周期、采血时间都不同。
血清里针对各个表位的抗体比例会变。整体效价可能差不多，但针对某一个修饰的特异部分占比会漂。
组蛋白修饰抗体对这种漂移格外敏感，因为要区分的是一个甲基的差别。
换批之后重做一遍验证，是多抗的常规动作，不是对产品质量的怀疑。
单抗换批也可能漂，只是漂的幅度小。多抗的漂移是可预期的，所以实验室通常会把一个批号一次买够。
ChIP 的量按微克算
产品页给 ChIP 的条件没有写稀释比，写的是用量。这类写法在修饰抗体里常见。
按微克算的好处是不受原液浓度影响，坏处是每次都要称染色质。
染色质定量用荧光法比紫外法准，紫外法受核酸和蛋白混合物的干扰。
25 µg 一管分装，冻一次用一次，反复冻融之后的染色质，IP 效率会掉。
超声之后的片段大小也要在同一批里统一。片段太大，富集落在基因体还是启动子就分不清了。
三个系统的分工
验证系统是 WB、IF/ICC 和 ChIP。
WB 看的是总水平，条带单一，位置在组蛋白的低分子量区，跑胶的时候别让条带跑出去。
IF 看的是核内的分布，H3K36me3 沿基因体分布，荧光上是核内弥散加局部增强，不是点状。
ChIP 看的是特定位点的富集，这一步才是真正区分修饰分布的手段。
三个系统给三个不同的答案，别用一个系统的结论去推另一个。
判读上的两个细节
H3K36me3 在基因体上的富集是从 5' 往 3' 逐渐升高的，做 qPCR 要设计跨越基因体的几对引物。
只看启动子区，信号会很弱，容易误判成抗体不行。
总 H3 作为上样对照要同时跑。修饰的水平要用总 H3 归一，不要用 β-actin。
组蛋白的提取和常规裂解液不一样。酸提取或者商品化试剂盒都行，关键是每个样本的处理时间一致，否则修饰的损失程度不同。
换批之后，先跑一张 WB 和一次 dot blot，两个都过再做 ChIP。
明天把新批号按 1/1000 和 1/2000 各跑一条，与旧批的膜放在同一张片上曝光，信号差在 20% 以内就继续用。
关键参数
| 反应种属 | Human, Bovine |
| 抗原名称 | H3C1 tri methyl K36 |
| 验证应用 | WB, IF/ICC, ChIP |
| 宿主/亚型 | Rabbit / IgG |
| 抗体类型 | Polyclonal |
| 纯化方式 | Affinity purification Immunogen |
| 储存条件 | 短期 +4°C；长期 -20°C |
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参数与产品价格以生知库产品页实时信息为准。文中实验图片取自厂家官网产品页，仅用于说明该抗体的验证情况。