瓜氨酸化,跑胶会比原来快一点

产品性能解析 · Abcam

瓜氨酸化,跑胶会比原来快一点

Anti-H3 citrulline R2/R8/R17 兔多抗

Abcam  ·  货号 Ab5103

瓜氨酸化,跑胶会比原来快一点

关节炎模型的滑膜切片做完,WB 上组蛋白 H3 的位置比对照低了一点。学生以为是降解,加了蛋白酶抑制剂重跑,位置还是低。

这次不是降解。样本里做了一次钙离子处理,瓜氨酸化的比例上去了。

Western blot 验证结果
图 1 Western blot 验证结果(图源:Abcam 官网产品页)

精氨酸变成瓜氨酸,电荷变了

肽酰基精氨酸脱亚氨酶把精氨酸的亚氨基水解掉,换成酮基,精氨酸就成了瓜氨酸。

这一步不改分子量,但改了等电点。精氨酸带正电,瓜氨酸不带。组蛋白本身碱性很强,靠正电荷和 DNA 的磷酸骨架结合,正电荷少一个,结合就松一分。

SDS-PAGE 上看到的轻微下移,来自构象和电荷的双重变化。位移通常在一个氨基酸残基的量级,肉眼能看出来,但不会移出一大截。

所以判断瓜氨酸化,不能只看位置。要拿没有诱导的样本并排跑,两条带的位置差才算证据。

三个位点写在一个名字里

产品名里列的是 R2、R8、R17,组蛋白 H3 上三个可以被瓜氨酸化的精氨酸。

同一支抗体能认三个位点,好处是信号强,坏处是没法区分哪一个位点被修饰了。要做位点归属,得靠肽阵列。

产品页的应用栏里就有一项 Peptide Array。把不同修饰状态的短肽点在一张膜上,逐条看结合强弱,能看出抗体对单个位点的偏好,也能看出它会不会把未修饰的 H3 认上去。

这一步对做机制的人有用。只做总量检测的,知道有三个位点就够。

IP 用法与应用的边界

应用里有 IP,组蛋白的免疫沉淀有几个固定难点。

组蛋白和 DNA 结合紧,裂解之后如果不做超声或者酶切,沉淀下来的是一整段染色质,不是单个核小体。沉淀里的其他组蛋白会一起被拉下来,检测结果容易误读。

洗脱条件也要注意。酸性甘氨酸洗脱对组蛋白的回收不错,但洗脱液要立刻中和,否则后面上样缓冲液的 pH 会被带偏。

上样前煮沸五分钟,不要更久。组蛋白量少,过度煮沸会加剧吸附损失。

应用写的是 WB、IP、肽阵列,没有 IHC。

做组织切片的时候,有人会拿这支去试,切片上出现核内信号。这个信号可能是真的,但没有经过验证,也没法和未修饰的样本做区分。要发图,风险在自己这边。

要做组织层面的瓜氨酸化,先找一支明确写了 IHC 的产品,或者用荧光双标把 H3 和瓜氨酸信号放在同一张图上比。

三条操作建议

诱导瓜氨酸化要补钙。PAD 酶依赖钙离子激活,裂解液里不加钙,修饰水平上不去,阴性结果不能说明问题。

WB 配 15% 的胶。组蛋白分子量小,浓度低了会跑到染料前沿,和溴酚蓝糊在一起。

上样量控制住。组蛋白在细胞核里丰度高,常规上样量容易过曝,把曝光时间压到几秒看一次。

下次做这组样本,把钙处理和钙螯合两组并排跑,膜上两条带的位置差,就是这一支要给你的答案。

关键参数

反应种属 Human, Mouse, Rat
抗原名称 H3C1 citrulline R2
验证应用 WB, IP, Peptide Array
宿主/亚型 Rabbit / IgG
抗体类型 Polyclonal
纯化方式 Affinity purification Immunogen
储存条件 短期 +4°C;长期 -20°C
Western blot 验证结果
图 2 Western blot 验证结果(图源:Abcam 官网产品页)

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